法雨寺创建于明万历八年，因当时此地泉石幽胜，结茅为庵，取“法海潮音”之义，取名“海潮庵”；万历二十二年改名“海潮寺”，三十四年又名“护国镇海禅寺”。后毁于战火。
清康熙二十八年，普济、法雨二寺领朝廷赐帑，同时兴建；后法雨寺的明益禅师又孤身入闽募资，历时三年，将所募财物用以建圆通殿，专供观音佛像，两年后又建大雄宝殿，供诸菩萨。
康熙三十八年（1699年）清朝廷又赐金修寺，修缮大殿，并赐“天华法雨”和“法雨禅寺”匾额，因改今名。同治、光绪年间又陆续建造殿宇，成为名动江南的一代名刹。